一旦物品被清洗、干燥和检查，那些需要消毒的物品必须被包装或放置在坚硬的容器中，并且应该按照AAMI和其他专业组织提供的指导方针将其放置在仪器托盘/篮子中。这些准则规定仪器应打开，带有可拆卸部件的物品应拆卸，除非设备制造商或研究人员向相反方提供具体说明或测试数据;复杂仪器应根据设备制造商的说明书和测试数据进行配制和消毒;设有凹面装置，以便排水;重物应放置在不易损坏易碎物品的位置;而仪器组的重量应根据仪器的设计和密度以及金属质量的分布。虽然外科器械不再有特定的灭菌重量限制，但重金属是湿包的原因之一。灭菌周期结束后，箱内和托盘内的水分。其他可能影响干燥的参数是包装的密度和设计。
维持手术器械无菌的方法有多种选择，包括硬容器、开皮袋(如医用自封袋或热封灭菌袋和立体纸袋)、平卷袋或立体卷袋(如，纸塑复合管材设计，允许用户切割和密封的两端形成一个袋)和灭菌包装(编织和非织造布)。医疗机构可能使用所有这些包装选项。包装材料必须允许灭菌剂渗透，在操作过程中提供接触污染的保护，为微生物渗透提供有效的屏障，并在灭菌后保持被加工产品的无菌性。理想的灭菌包装应成功地解决屏障的有效性、穿透性(即，允许杀菌剂渗透)、透气性(例如，允许消散)、易用性、可悬挂性、灵活性、耐穿性、撕裂强度、毒性、气味、废物处理、棉絮、成本和透明度。不可接受的包装与箔纸、聚氯乙烯和聚氯乙烯厨房式透明包装或过氧化氢气体等离子体(如亚麻和纸张)一起使用，不应用于医疗包装用品。
在中心处理中，可以按顺序或不按顺序(即同时包装)。包装应这样做，以避免拉紧和缺口。顺序包装使用标准灭菌包装的两张纸，一张接一张地包装，这个过程在一个包中创建一个包。非顺序流程使用同时包装的两个工作表，因此包装只需执行一次。后一种方法为手术器械提供多层保护，使其免受污染，而且由于只包一次，节省了时间。由于在设备内操作的严格性，多层包装仍然是常见的做法，即使单层包装的屏障效能在过去的几年中已经提高了。准备包装物品的书面和图解程序应准备就绪，并由人员在执行包装程序时使用。
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